Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeśli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Powyższa regulacja pozwala na wydłużenie ustawowego terminu zwrotu VAT, jeżeli organ podatkowy prowadzi weryfikację rozliczenia podatnika. Przedmiotowa weryfikacja może odbywać się w ramach: czynności sprawdzających, postępowania podatkowego, jak i kontroli podatkowej. Należy w tym miejscu wskazać, iż zarówno cel, jak i zakres czynności możliwych do zrealizowania w ramach poszczególnych procedur jest zasadniczo różny. Z kolei zgodnie z art. 274c § 1 Ordynacji podatkowej organ podatkowy, w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową, może zażądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u podatnika, w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Z czynności tych sporządza się protokół.
Powyższa regulacja dotyczy tzw. „kontroli krzyżowej”, w ramach której to organ podatkowy może zażądać dokumentów od kontrahentów podatnika w zakresie, w którym prowadzone jest postępowanie podatkowe bądź kontrola podatkowa u podatnika. Należy jednak wskazać, iż zgodnie z przedmiotową regulacją „kontroli krzyżowej” nie można prowadzić w ramach czynności sprawdzających – brak ku temu jest podstaw normatywnych.
Nie zmienia to jednak faktu, iż zdarzają się sytuacje, w których organy podatkowe prowadzą w ramach czynności sprawdzających „kontrole krzyżowe” u kontrahentów podatnika. Powyższe zagadnienie było przedmiotem rozstrzygnięcia Naczelnego Sądu Administracyjnego. W wyroku z 18 października 2013 r. NSA orzekł następująco:
„Ustawodawca wyraźnie wskazał zakres czynności, które organ może przeprowadzić w ramach czynności sprawdzających. W zakresie tym nie mieszczą się czynności związane z tzw. kontrolą krzyżową. Wynika to nie tylko bowiem z zakresu dopuszczalnych czynności, o których mowa we wskazanych wyżej przepisach, ale także z art. 274c § 1 Ordynacji podatkowej. Stosownie do treści tego przepisu organ podatkowy w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową może zażądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u podatnika w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Z czynności tych sporządza się protokół.
Ustawodawca dopuścił więc możliwość, wbrew temu co zarzuca się w skardze kasacyjnej, zażądania od kontrahentów podatnika przedstawienia dokumentów, w tym także w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT, jednak jedynie w związku z prowadzonym u podatnika postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową. Kontrola tzw. „krzyżowa" dopuszczalna jest więc w ramach prowadzonego wobec podatnika postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, ale nie poza nimi. Nie ma więc podstaw prawnych w ramach jedynie czynności sprawdzających określonych w dziale V Ordynacji podatkowej, bez wszczęcia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, żądania od kontrahentów podatnika dokumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT.
Wykładnia art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej dokonana przez organy i zaaprobowana przez Sąd pierwszej instancji nie uwzględnia charakteru czynności sprawdzających oraz wykładni systemowej wewnętrznej regulacji odnoszących się do czynności sprawdzających, a także treści art. 274 c § 1 Ordynacji podatkowej. Pomija też to, że organ podatkowy dysponuje różnymi instrumentami w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT w ramach innych postępowań niż postępowanie sprawdzające”.
Podsumowując należy wskazać, iż organy podatkowe są uprawnione do przeprowadzenie „kontroli krzyżowej” w ramach weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT. Niemniej jednak wymaga to wszczęcia postępowania podatkowego bądź kontroli podatkowej u podatnika, natomiast jest to niedopuszczalne w ramach prowadzonych czynności sprawdzających.
Dominik Nawrocki
Autor jest ekspertem w Dziale Doradztwa Podatkowego BDO, Oddział w Poznaniu.
Wrocław 
27.03.2026 27.03.2026 
750.00 + VAT
