W przypadku zanegowania prawa do odliczenia VAT konieczne jest jednoznaczne określenie stanu faktycznego sprawy i przedstawienie stosownych dowodów. Tak wynika z istotnego dla podatników wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 grudnia 2017 roku (sygn. akt I FSK 352/16).
Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznawał skargę kasacyjną A. S.A. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 1 października 2015 r. (sygn. akt III SA/Wa 3663/1) dotyczącego decyzji Dyrektora Izby Skarbowej związanej z określeniem wysokości zobowiązania podatkowego oraz kwoty podatku do zapłaty – jeśli chodzi o VAT – za grudzień 2008 r.
W pisemnym uzasadnieniu wyroku NSA przypomniał, że organ pierwszej instancji wskazał, iż powodem zakwestionowania faktury VAT z 1 grudnia 2008 r. wystawionej na rzecz skarżącej spółki przez S. Sp. z o.o. oraz faktur sprzedażowych z 1 grudnia 2008 r. na rzecz P. oraz O. były ustalenia, iż udokumentowane tymi fakturami czynności w rzeczywistości nie miały miejsca. Zanegowane faktury miały być związane z realizacją przez konsorcjum Y.-C.-O. zamówienia publicznego ogłoszonego przez MEN. Faktury VAT były opisane jako sprzedaż licencji na kursy, programy lub oprogramowanie do nauki języków.
Zdaniem dyr. Urzędu Kontroli Skarbowej materiał dowodowy zebrany w postępowaniach prowadzonych wobec ww. spółek wskazuje, że firmy, które 1 grudnia 2008 r. wystawiły faktury sprzedaży licencji nie wykonały żadnych czynności związanych z zakupionymi programami, których licencje te dotyczyły. Każda z firm wystawiając fakturę odpowiednio powiększała wartość dostawy licencji o naliczoną przez siebie kwotę marży.
Od tej decyzji odwołała się skarżąca spółka, ale dyr. Izby Skarbowej 17 września 2014 r. utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji. Organ odwoławczy wskazał, że okoliczności faktyczne oraz dowody zebrane w sprawie wskazują, iż transakcja udokumentowana ww. fakturą zakupową i fakturami sprzedażowymi VAT nie miała w rzeczywistości miejsca. Dlatego skarżącej nie przysługuje prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wykazanego w fakturze zakupowej VAT, zaś kwota podatku wykazana na fakturach sprzedażowych nie może być rozliczona w deklaracji podatkowej VAT-7 jako kwota podatku należnego, lecz podlega wpłacie na podstawie ustawy o VAT. Ponadto skarżąca aktywnie uczestniczyła w tworzeniu łańcucha transakcyjnego i wiedziała o jego charakterze.
W tej sytuacji spółka w skardze złożonej na decyzję organu odwoławczego wniosła o jej uchylenie wraz z poprzedzającą decyzją organu pierwszej instancji oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił tę skargę.
Według WSA organy podatkowe podjęły wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego zbadania stanu faktycznego sprawy oraz zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego, zaś faktura wystawiona na rzecz skarżącej nie odzwierciedla rzeczywistego obrotu gospodarczego między tymi podmiotami we wskazanej dacie. Jak zwraca uwagę NSA, sąd pierwszej instancji uznał, że spółka wiedziała lub powinna była wiedzieć, że wystawione dla niej faktury są fikcyjne i uczestniczy w transakcji stanowiącej oszustwo podatkowe. Nie było też uzasadnienia dla łańcuchowych sprzedaży licencji i zawyżania ceny, jeżeli dotarły one do zamawiającego na podstawie zawartej wcześniej umowy.
W skardze kasacyjnej spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości, przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez sąd pierwszej instancji oraz o zwrot kosztów postępowania kasacyjnego, wskazując m.in. na wadliwe i niepełne uzasadnienie podjętego rozstrzygnięcia.
Według Naczelnego Sądu Administracyjnego stanowisko WSA dotyczące ustalenia prawidłowego stanu faktycznego, które determinuje rozstrzygnięcie w kwestii skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego wykazanego na zakwestionowanych fakturach jest niejasne, wewnętrznie niespójne oraz nie zostało odpowiednio uzasadnione i poparte materiałem dowodowym zgromadzonym w sprawie. Zwłaszcza z uzasadnienia zaskarżonego wyroku nie wynika jednoznacznie, czy sąd pierwszej instancji uznał, że transakcje wykazane na zakwestionowanych fakturach w rzeczywistości zostały wykonane, czy też nie.
W uzasadnieniu wyroku Naczelny Sąd Administracyjny zwrócił uwagę, że ustalenie braku rzeczywistej transakcji udokumentowanej fakturą czyni zbędnym rozważania co do istnienia dobrej wiary podatnika. W takiej bowiem sytuacji prawo do odliczenia w ogóle nie powstaje, niezależnie od zamiaru i celu podatnika, gdyż nie dokonuje on żadnej czynności podlegającej opodatkowaniu VAT. Z kolei ocena przez organy oraz WSA istnienia dobrej wiary oraz ewentualnego udziału spółki w oszustwie podatkowym albo nadużyciu prawa zakłada stanowisko przeciwne – iż zakwestionowana transakcja w rzeczywistości miała miejsce.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że sąd pierwszej instancji nie określił, na podstawie jakiego stanu faktycznego, ustalonego przez organy podatkowe, wydał swoje orzeczenie, m.in. co do przyjętej przesłanki pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, a w szczególności, czy było to związane z wystawieniem pustej faktury, która nie odzwierciedlała żadnego zdarzenia gospodarczego, czy też z udziałem w oszustwie podatkowym albo stwierdzeniem nadużycia prawa podatkowego; co do tego, jakie dowody świadczą o tym, że czynność przeniesienia praw do korzystania z programów komputerowych pomiędzy spółkami i dalej w dniu 1 grudnia 2008 r. w ogóle nie miała miejsca. Nie został rozważony sens i gospodarcze uzasadnienie transakcji.
Naczelny Sąd Administracyjny zauważył również, że dla opodatkowania danej transakcji nie ma znaczenia zamiar i rezultat działań podjętych przez podatnika, bowiem wystarczy, że dana transakcja spełnia obiektywne kryteria uznania jej za dostawę towarów lub świadczenie usług. W ocenie NSA nie może budzić wątpliwości, że jeśli przedmiotem umowy z MEN było przekazanie szkołom/placówkom oprogramowania komputerowego wraz z udzieleniem do niego licencji oraz dokumentami (m.in. licencjami) upoważniającymi do legalnego korzystania z tego oprogramowania – czynności te miały charakter usług w świetle ustawy o VAT.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna jest zasadna, uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę WSA do ponownego rozpoznania, a także zasądził od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz A. S.A. w restrukturyzacji 46 276 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Autor: S.W.
Polecamy szkolenia VAT
Kraków 
09.02.2026 10.02.2026 
1520.00 + VAT
